个体发育

2020-10-16

2020-10-16
个体发育分析

  个体发育，指的是一种生物从其出生到死亡的整个过程中身体出现的形态变化。从幼体到成年，生物的形态变化通常比较明显。在古生物学中研究个体发育，一方面有助于理解不同化石物种的生长变化；另一方面，也有助于在后续研究辅助化石的鉴定。在古生物的个体发育研究中，通常会总结一种生物不同身体部位随年龄增长的变化趋势、这种趋势或是某些器官的增大，或是某些结构数量的增加。由于生物的种类千差万别，因此不同古生物的个体发育过程也存在很大差异，需要根据实际情况选用适宜的衡量标准。

1 数据描述

## Loading required package: xts
## Loading required package: zoo
## 
## Attaching package: 'zoo'
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     as.Date, as.Date.numeric
## 
## Attaching package: 'PerformanceAnalytics'
## The following object is masked from 'package:graphics':
## 
##     legend
## # A tibble: 6 x 6
##   Specimen_No. thecal_height stem_length `minimun N_brac~ circlets_plates~
##          <dbl>         <dbl>       <dbl>            <dbl>            <dbl>
## 1           10         0.828       0.666                6               10
## 2           15         0.625       1.16                 5                7
## 3           16         0.93        0.871                7                6
## 4           23         0.936       0.892                7                7
## 5           25         1.74        1                   12               10
## 6           27         1.73        1.12                11               11
## # ... with 1 more variable: number_part <dbl>
## Classes 'tbl_df', 'tbl' and 'data.frame':    18 obs. of  6 variables:
##  $ Specimen_No.        : num  10 15 16 23 25 27 32 33 39 40 ...
##  $ thecal_height       : num  0.828 0.625 0.93 0.936 1.743 ...
##  $ stem_length         : num  0.666 1.16 0.871 0.892 1 ...
##  $ minimun N_brachioles: num  6 5 7 7 12 11 4 6 7 7 ...
##  $ circlets_plates_No  : num  10 7 6 7 10 11 8 9 7 7 ...
##  $ number_part         : num  7 6 7 6 7 7 6 6 6 6 ...

  数据共有18条记录，6个变量，数据类型都为数值型数据。为描述各变量之间的相关性情况，对数据进行形态相关分析如下：

2 个体变量相关性分析

  选择生物的个体发育指标，得到形态相关的相关性值，可以了解到stem_length和thecal_height相关性为0.8，二者相关性强度较高，其次是thecal_height和minimun N_brachioles的相关性最好。

3 个体发育趋势分析

  利用贝叶斯信息准则（BIC）作出的频率分布图利用贝叶斯信息准则（BIC）作出的频率分布图，探究各变量之间的正太性和核密度分布，如下图所示：

## Classes 'tbl_df', 'tbl' and 'data.frame':    9 obs. of  7 variables:
##  $ X : num  0.2 2.3 3.7 4 5 6 7 8 9.8
##  $ A1: num  -54 -46 -58 -69 -68 -80 -98 -108 -118
##  $ A2: num  -54 -46 -55 -62 -65 -72 -80 -90 -93
##  $ B1: num  -153 -146 NA NA NA NA NA NA NA
##  $ B2: num  -153 -142 -155 -158 -155 -158 -167 -173 -180
##  $ C1: num  -30 -41 -49 NA NA NA NA NA NA
##  $ C2: num  -30 -37 -43 -48 -56 -65 -66 -69 -74

  五组测量变量间的一一对应关系如上所示，说明长度在5到11的呈现右偏分布，0.5到1.5的基本呈现正态分布。